黃帝打敗炎帝之後，許多諸侯都想擁戴他當天子。可是炎帝的子孫不甘心向黃帝臣服，幾次三番挑起戰爭，尤以蚩尤為甚。

蚩尤是炎帝的孫子。據說，蚩尤生性殘暴好戰，他有八十一個兄弟，都是能說人話的野獸，一個個銅頭鐵額，用石頭鐵塊當飯吃。蚩尤原來臣屬於黃帝，可是炎帝戰敗後，蚩尤在廬山腳下發現了銅礦，他們把這些銅製成了劍、矛、戟、盾等兵器，軍威大振，便起野心要為炎帝報仇了。蚩尤聯合了風伯、雨師和誇父部族的人，氣勢洶洶地來向黃帝挑戰。

黃帝生性愛民，不想戰伐，一直想勸蚩尤休戰。可是蚩尤不聽勸告，屢犯邊界。黃帝不得已，歎息道：“我若失去了天下，蚩尤掌管了天下，我的臣民就要受苦了。我若姑息蚩尤，那就是養虎為患了。現在他不行仁義，一味侵犯，我只有懲罰不義！”於是黃帝親自帶兵出征，與蚩尤對陣。

黃帝先派大將應龍出戰。應龍能飛，能從口中噴水，它一上陣，就飛上天空，居高臨下地向蚩尤陣中噴水。刹那間，大水洶湧，波濤直向蚩尤沖去。蚩尤忙命風伯雨師上陣。風伯和雨師，一個刮起滿天狂風，一個把應龍噴的水收集起來，反過來兩人又施出神威，颳風下雨，把狂風暴雨向黃帝陣中打去。應龍只會噴水，不會收水，結果，黃帝大敗而歸。

不久，黃帝重整軍隊，重振軍威，再次與蚩尤對陣。黃帝一馬當先，領兵沖入蚩尤陣中。蚩尤這次施展法術，噴煙吐霧，把黃帝和他的軍隊團團罩住。黃帝的軍隊辨不清方向，看不清敵人，被圍困在煙霧中，殺不出重圍。就在這危急關頭，黃帝靈機一動，猛然抬頭看到了天上的北斗星，斗柄轉動而鬥頭始終不動，他便根據這個原理發明了指南車，認定了一個方向，黃帝這才帶領軍隊沖出了重圍。

這樣，黃帝和蚩尤一來二去打了七十一仗，結果是黃帝勝少敗多，黃帝心中非常焦慮不安。這一天，黃帝苦苦思索打敗蚩尤的方法，不知不覺昏然睡去，夢見九天玄女交給他一部兵書，說：“帶回去把兵符熟記在心，戰必克敵！”，說罷，飄然而去。黃帝醒後，發現手中果真有一本《陽符經》。打開一看，只見上面畫著幾個象形文字“天一在前，太乙在後。”黃帝頓然悟解，於是按照玄女兵法設九陣，置八門，陣內佈置三奇六儀，制陰陽二遁，演習變化，成為一千八百陣，名叫“天一遁甲”陣。黃帝演練熟悉，重新率兵與蚩尤決戰。

為了振奮軍威，黃帝決定用軍鼓來鼓舞士氣。他打聽到東海中有一座流波山，山上住著一頭慢獸，叫“夔”，它吼叫的聲音就像打雷一樣。黃帝派人把夔捉來，把它的皮剝下來做鼓面，聲音震天響。黃帝又派人將雷澤中的雷獸捉來，從它身上抽出一根最大的骨頭當鼓槌。傳說這夔牛鼓一敲，能震響五百里，連敲幾下，能連震三千八百里。黃帝又用牛皮做了八十面鼓，使得軍威大振。

為了徹底打敗蚩尤，黃帝特意召來女兒女魃助戰。女魃是個旱神，專會收雲息雨。平時住在遙遠的昆侖山上。

黃帝布好陣容，再次跟蚩尤決戰。兩軍對陣，黃帝下令擂起戰鼓，那八十面牛皮鼓和夔牛皮鼓一響，聲音震天動地。黃帝的兵聽到鼓聲勇氣倍增；蚩尤的兵聽見鼓聲喪魂失魄。蚩尤看見自己要敗，便和他的八十一個兄弟施起神威，兇悍勇猛地殺上前來。兩軍殺在一起，直殺得山搖地動，日抖星墜，難解難分。

黃帝見蚩尤確實不好對付，就令應龍噴水。應龍張開巨口，江河般的水流從上至下噴射而出，蚩尤沒有防備，被沖了個人仰馬翻。他也急令風伯雨師掀起狂風暴雨向黃帝陣中打去，只見地面上洪水暴漲，波浪滔天，情況很緊急。這時，女魃上陣了，她施起神施，刹那間從她身上放射出滾滾的熱浪，她走到哪里，哪里就風停雨消，烈日當頭。風伯和雨師無計可施，慌忙敗走了。黃帝率軍追上前去，大殺一陣，蚩尤大敗而逃。

蚩尤的頭跟銅鑄的一樣硬，以鐵石為飯，還能在空中飛行，在懸崖峭壁上如走平地，黃帝怎麼也捉不住他。追到冀州中部時，黃帝靈感突現，命人把夔牛皮鼓使勁連擂九下，這一下，蚩尤頓時魂喪魄散，不能行走，被黃帝捉住了。黃帝命人給蚩尤戴上枷栲，把他殺了。害怕他死後還作怪，便把他的身和首埋在了兩個地方。蚩尤死之後，他身上的枷栲才被取下來拋擲在荒山上，變成了一片楓樹林，那每一片楓葉，都是蚩尤枷栲上的斑斑血跡。

黃帝打敗蚩尤後，諸侯都尊奉他為天子，這就是軒轅（黃帝的名字）黃帝。軒轅黃帝帶領百姓，開墾農田，定居中原，奠定了華夏民族的根基。

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小說非正史