本廟主神為奉祀五穀先帝，左側觀音佛祖、三聖恩主，右側三山國王、天上聖母為副，前后興建計五殿，遠自清乾隆時代，在台鄉紳，由福建省漳州縣民渡臺時，恭請分靈蒞臺，定居於本鄉埤塘設壇奉祀，神靈顯赫，庇佑黎民安寧、五穀豐收、財源廣進、風調雨順、國泰民安，為感神惠，眾善信竭誠建廟，遷移在土城村創建慶安宮，建峻隆禮崇祀，香煙鼎盛，不幸於民國廿二年癸酉農曆十六日，尾牙夜間，發生火災，宮宇焚毀，神像幸免於難，暫安奉祀民宅，繼續膜拜，延至民國廿八年己卯，由張祥傳先生發起在原址重建，則複印五穀先帝神像供鄉民崇拜，導正農祖，重建規劃就緒，暴發對日抗戰，被政府截止拖延至本省光復。
迨至本省光復祖國懷抱，提倡糧食增產，懷念炎帝五穀先帝偉大創造--種五穀、教稼穡、嘗百草，發明醫藥，造民曆，設市井等惠育眾生，黎民咸賴，及於民國四十年辛卯間，由林德發起與眾仕紳共議創造五穀先帝廟，聘請胡賢先生規劃三川五門宮殿式之廟宇，再聘請地理師選擇現址，則向鄉公所租用，擇日由後殿先建，斯時抗戰勝利後，善信經濟蕭條，以簡陃用磚瓦木造，樑木用本地樟木，工程費陸萬餘元，由台北市善信自由捐獻，得工程順利進行，完成後請擇日師王式傳先生擇定於民國四三年甲午三月間隆重晉座安靈，由此神靈顯赫庇祐合境平安，鄉民安居樂業，遠近善信參詣絡繹不息，聚成全鄉善信信仰中心之廟宇。
繼於民國六九年庚申間，鑑及地方呈現欣欣向榮，再組織修建委員會，林德先生續任主委，與眾會員共議決定本廟前殿未完成工程，繼續建設，則聘請建廟師鄭土與進富先生等，依原奠位置規劃三川五門宮殿式廟宇建築，包括鐘鼓樓、鶴齡樓等以鋼筋混凝土建造以策永固，繡面及龍柱，均用上材觀音山石，雕刻技術精良，厝頂粘瓦筒及剪粘龍鳳鳥等精緻美觀，總工程費新台幣壹仟貳佰餘萬元，均由善信自由捐獻。
續於民國七十三年甲子間提案決議，為感前殿重建新貌美觀，後殿仍舊影響觀瞻，即於十二月間折除重建鋼筋混凝土，則發現樟樑角仔被白蟻侵蝕，安全堪慮，依原位置興建，廟內分為五殿結網，設五座神龕，聘請馳名雕刻
師鄭裕勝先生設計，悉用特級樟木，雕刻各式花堵龍柱，十分莊嚴美觀。神位憑杯選定，厝頂黏瓦筒剪黏龍鳳，其開支工程費計用新台幣壹仟壹佰餘萬元，均由善信自動捐獻，竣工後請王式傳先生擇日，定民國七十五年歲次丙寅二月初七日子時晉座安靈，舉辦三獻醮事，並
安龍謝土，綜上完成本廟建設。為確保本廟產權，以安神靈，於民國七十六年丁卯，則向市公所承買廟址，面積柒佰伍拾坪，價款柒佰伍拾餘萬元，分為三期付清，以答神恩，懋續保佑地方安寧。
土城市五穀先帝廟管理委員會 主任委員林德
台北縣土城市五穀先帝廟大門楹聯：
大門楣匾聯：【 五穀先帝廟 】 　
中門聯：神護四方永佑國泰民安九洲一體，
農襄百姓長教歲稔時和十雨五風。
⑵ 神功護國嬴得千秋群黎立廟，
農務教民化成萬頃荒地為田。
右門聯：神創靈方極救倉生浩蕩皇恩垂萬世，
農傳妙術昌隆國本巍峨帝德凜千秋。
左門聯：神祚永綜延藥別君臣帝王福九德，
農家長享受民欽稼穡人世感皇恩。
壁柱聯：神恩浩蕩物阜民康瑞氣漫乾坤靈僅三台宗澤
農績輝煌衣豐食足芳車馳日夜紛從九拜宸宮
⑵ 神靈長廣布廟貌巍峨千歲盛，
農本永扶持玄宮浩蕩奕年興。
⑶ 顯赫坐鎮本鄉民眾感欽帝德，
莊嚴奉安寶殿村鄰共仰神麻。
前殿聯：神顯而福皇功顯而福帝合薦千秋俎豆，
農功興稼穡百草萬世沐皇麻。
農所以立國邦所以養民乃需一統山河。
⑵ 神威靈赫濯昭千古廟貌巍峨地靈人傑，
農為民眾造福四方靈功浩蕩物阜民康。
⑶ 神恩浩蕩大活人妙術千秋垂，
神術垂千秋赤子四時寒暑皆沾保，
⑷ 農糧傳萬古蒼生五穀溫飽盡能豐。
大殿楣匾聯：【 神農宮 】
五谷先帝龕聯：神農饒忍辱長佑蒼生沾玉露，
　 大帝致中和永懷赤子惠珠霖。
三山國王龕聯：三山出聖地四海工商欣企業，
　 　 國王布仁風三江農士展經倫。
天上聖母龕聯：聖德大如天極民敬世昭千古，
　　 　母恩深如海立廟神恩馳萬年。
觀音佛祖龕聯：觀空有色南海非遙慈航即渡，
　音播無邊西方自在法界皆春。
三聖恩主龕聯：聖地配天垂宇宙群黎欣大有，
　帝心造化若寰珠眾庶頌豐年。
大殿龍柱楹聯：神威同造化聖德巍峨垂海國，
　殿配參天鴻恩浩蕩著蓬萊。
　神功同日月寶島群黎安福祿，
　農務遍乾坤土城眾庶頌禎祥。
　神光昭萬世四海工商登企業，
　農業肇千古三江紳士娶經倫。
左右迴廊楹聯：神被群生長增祿壽承帝德，
　農成百穀永獲年豐賴神麻。
　神方遺世極救群黎醫疾苦，
　農事改良增進五穀得豐收。
　南海非遙轉念慈航渡香煙，
　西方自在遐觀紅浮座上蓮。
　神力無彊廟貌巍峨千古在，
　 　農心永念威靈顯赮萬年存。